перевод на Японский

残念ながらおかしな訳が散見されます。

（1）
Take this cup away from me for I don't want to taste　この盃を遠ざけてください
Its poison 　　　　　　　　　　　　　　　　　　　私は毒を味わいたくないから
Feel it burn me,　　　　　　　　　　　　　　　　　私が苦しむのを感じてください

とありますが、want と feel は両方とも for I don't を受けているのではないでしょうか。
Feel 以下を独立した命令文だということにしたら意味がつながりません。

「この杯を私から遠ざけてくれ
　その毒を呷りたくないから
　それ（=its poison）が身を焼くのを感じたくないから」

とでもすれば、話がつながると思います。

（2）
Then I was inspired　私は感化された

というのは変です。完全に過去の話ですよね。次に
Now I'm sad and tired　と現在の話を続けて対比しているのですから。

「あのときはやる気に満ちていた」

くらいじゃないでしょうか。

（3）
Listen, surely I've exceeded expectations tried for three years　聞いてください　確かに私は余りにも期待しすぎた
Seems like thirty　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　3年が30年に思える

expectations は exceede の目的語なのだから、この訳は変です。

「聞いてくれ、間違いなく私は期待を上回った、3年間の取り組みが
　30年に思えるほどに」

のような感じになるでしょうか。

（4）
omnipresent を「あちこちにある」とするとイメージが狂います。

特に目立ったのは上記4点です。

歌詞っぽく訳すのは私には無理ですね。
歌えるように訳すのはもっと難しそうです。

以下、拙訳です。意味はだいたい合ってると思いますが、Thy will is hard のところは確信が持てません。
神の意志（求めるもの）は厳しすぎるけれども、手札を全部握られてるから従うしかないと解釈したのですが。

I only want to say　私はただ言いたい
If there is a way　もしできるのであれば
Take this cup away from me　この杯を私から遠ざけてくれ
for I don't want to taste Its poison　その毒を呷りたくないから
Feel it burn me, 　それが身を焼くのを感じたくないから
I have changed, I'm not as sure as
When we started　私は変わった、我々が始めたときほどの自信がない

Then I was inspired　あのときはやる気に満ちていた
Now I'm sad and tired　今は悲しく疲れている
Listen, surely I've exceeded expectations tried for three years　聞いてくれ、間違いなく私は期待を上回った、3年間の取り組みが
Seems like thirty　30年に思えるほどに
Could you ask as much from any other man?　私以外の誰にそれを求めることができただろうか

But if I die　だがもし私が死んだら
See the saga through and do the things you ask of me　シナリオをやり遂げろ、私に求めたことをやれ
Let them hate me, hit me, hurt me, nail me to their tree　人々に私を憎ませ、打たせ、彼らの木に磔にさせるがいい
I'd wanna know, I'd wanna know my God (2x)　私は知りたい、私は知りたい、私の神を
I'd wanna see I'd wanna see my God (2x)　私は会いたい、私は会いたい、私の神に

Why I should die　なぜ私は死ななければならないのか
Would I be more noticed than I ever was before?　私はもっと知ることができるのか、以前の私よりも
Would the things I've said and done matter anymore?　私が言ったこと為したことは今後も意味を持つのか
I'd have to know, I'd have to know my Lord (2x)　私は知らなければならない、私は知らなければならない、私の主を
I'd have to see I'd have to see my Lord (2x)　私は会わなければならない、私は会わなければならない、私の主に
If I die what will be my reward? (2x)　もし私が死んだら、何が私の報酬になるのだ
I'd have to know, I'd have to know my Lord (2x)　私は知らなければならない、私は知らなければならない、私の主を

Why should I die? (2x)　なぜ私は死ななければならないのだ
Can you show me now that I would not be killed in vain?　今、見せてもらえないか、私が無駄死にでないということを
Show me just a little of your omnipresent brain　ちょっとだけ見せてくれ、あなたの遍在する頭脳を
Show me there's a reason for your wanting me to die　見せてくれ、あなたが私の死を望む理由を
You're far too keen on where and how and not so hot on why　あなたは場所と方法にはやたらとこだわるが、理由については熱心ではない
Alright！ I’ll die！　いいだろう、死んでやる！
Just watch me die!　私が死ぬのをただ見ていろ！
See how I die!　死にざまを見ろ！

Then I was inspired　最初はやる気に満ちていた
Now I'm sad and tired　今は悲しく疲れている
After all I've tried for three years seems like ninety　結局、私は3年間取り組んできた、90年にも思えるほどに
Why then am I scared to finish what I started　なぜ私は怖いのだろう、私が始めたことを終わらせるのを
What you started - I didn't start it　あなたが始めたことを、私が始めたわけじゃない
God, thy will is hard　神よ、あなたの望みは厳しすぎる
But you hold every card　だがあなたがすべての札を握っている
I will drink your cup of poison　あなたの杯の毒を飲んでやろう
Nail me to your cross and break me　あなたの十字架に磔にして私を破壊するがいい
Bleed me, beat me, kill me, take me now -　私の血を流せ、私を叩け、私を殺せ、連れて行け、今
Before I change my mind　私の気が変わる前に